آثار عرفانی
۱- الهی نامه
۲- تصحیح رساله مکاتبات
۳- تصحیح و تعلیق تمهیدالقواعد
۴- تصحیح و تعلیق رساله تحفه الملوک
۵- تصحیح و تعلیق شرح فصوص خوارزمی
۶- تصحیح و تعلیق شرح فصوص قیصری
۷- رساله انه الحق
۸- رساله ای در سیر و سلوک
۹- رساله لقاءالله
۱۰- رساله مفاتیح المخازن
۱۱- رساله نور علی نور در ذکر و ذاکر و مذکور
۱۲- شرح طائفه ای از اشعار و غزلیات حافظ
۱۳- شرح فصوص الحکم
۱۴- عرفان و حکمت متعالیه
۱۵- قرآن و عرفان و برهان از هم جدایی ندارد
۱۶- کلمه علیا در توقیفیت اسماء
۱۷- مشکات القدس علیمصباح الأنس
۱۸ – منشئات
۱۹- وحدت از دیدگاه عارف و حکیم
۲۰- ئلایت تکوینی

 

آثار فلسفی
۲۱- الاصول الحکمیه
۲۲- الحجج البالغه علی تجرد النفس الناطقه
۲۳- النوذ المتجلّی فی الظّهور الظّلّی
۲۴- ترجمه و تعلیق الجمع بین الرّأیین
۲۵- ترجمه و شرح سه نمط آخر اشارات
۲۶- تصحیح و تعلیق شفا
۲۷- تصحیح و تعلیق اشارات
۲۸- تقدیم و تصحیح و تعلیق آغاز و انجام
۲۹- تقدیم و تعلیق راسله اتحاد عاقل به معقول
۳۰- دررالقلائد علی غررالفرائد
۳۱- درئس اتحاد عاقل به معقول
۳۲- رساله اعتقادات
۳۳- رساله العمل الضابط فی الرّابطی و الرابط
۳۴- رساله ای در اثبات عالم مثال
۳۵- رساله جعل
۳۶- رساله رؤیا
۳۷- رساله مثل
۳۸- رساله نفس الأمر
۳۹- رساله نهج الولایه
۴۰- رساله فی التضّادّ
۴۱- صدکلمه
۴۲- عیون مسائل نفس و سرح العیون فی شرح العیون
۴۳- گشتی در حرکت
۴۴- گنجینه گوهر روان
۴۵- معرفت نفس
۴۶- مفاتیح الأسرار لسلّاک الاسفار
۴۷- من کیستک
۴۸- نثرالدّراری علی نظم الّئالی
۴۹- نصوص الحکم بر فصوص الحکم

 

آثار کلامی
۵۰- تقدیم و تصحیح و تعلیق رساله قضا و قدر محمد دهدار
۵۱- تقدیم و تصحیح و تعلیق کشف المراد فی شرح تجرید الاعتقاد
۵۲- رساله حول الرؤیه
۵۳- رساله خیر الاثر در رد جبر و قدر
۵۴- رساله فی الامامه
۵۵- فصل الخطاب فی عدم تحریف الکتاب ربّ الارباب

 

آثار تفسیری
۵۶- انسان و قرآن
۵۷- تصحیح خلاصه تفسیر المنهج الصادقین

 

آثار روایی
۵۸- انسان کامل از دیدگاه نهج البلاغه
۵۹- تصحیح سه کتاب ابی الجعد، نثراللئالی، طبّ الائمه
۶۰- تصحیح نهج البلاغه
۶۱- تکمله منهاج البراعه
۶۲- رساله ای در اربعین
۶۳- شرح چهل حدیث در معرفت نفس
۶۴- مصادر و مآخذ نهج البلاغه

 

آثار رجالی
۶۵- اضبط المقال فی ضیط اسماء الرجال
۶۶- وجیزه ای در ترجمه و شرح زندگی علامه طباطبایی قدس سرّه

 

آثار فقهی
۶۷- تعلیقات علی العروه الوثقی
۶۸- مجیزه ای در مناسک حج

 

آثار ریاضی و هیوی
۶۹- استخراج جداول تقویم
۷۰- تصحیح و تعلیق اکر مانالاوس
۷۱- تصحیح و تعلیق الدّر المکنون و الجوهر المصون
۷۲- تصحیح و تعلیق تحریر اقلیدس
۷۳- تصحیح و تعلیق تحریر اکر ثاوذوسیوس
۷۴- تصحیح و تعلیق تحریر مجسطی
۷۵- تصحیح و تعلیق تحریر مساکن ثاوذوسیوس
۷۶- تصحیح و تعلیق شرح بیرجندی بر بیست باب
۷۷- تصحیح و تعلیق شرح بیرجندی بر زیج الغ بیک
۷۸- تصحیح و تعلیق شرح چغمینی
۷۹- تعلیقه بر رساله قبله مولی مظفر
۸۰- دروس معرفت اوفاق
۸۱- دروس معرفه الوقت و القبله
۸۲- دروس هیئت و دیگر رشته های ریاضی
۸۳- رساله ای پیرامون فنون ریاضی
۸۴- رساله ای در مطالب ریاضی
۸۵- رساله ظلّ
۸۶- رساله میل کلی
۸۷- رساله تعیین سمت قبله مدینه
۸۸- رساله تکسیر دائره
۸۹- رساله فی الصبح و الشفق
۹۰- رساله فی تعیین البعد بین المرکزین و الاوج
۹۱- شرح زیج بهادری
۹۲- شرح قصیده کنوزالاسماء
۹۳- سی فصل در دائره هندیه

 

آثار ادبی
۹۴- امثال طبری
۹۵- تصحیح کلیله و دمنه
۹۶- تصحیح گلستان سعدی
۹۷- تصحیح و اعراب اصول کافی
۹۸- تعلیقه بر باب توحید حدیقه الحقیقه
۹۹- تعلیقه بر قسمت معانی مطوّل
۱۰۰- دیوان اشعار
۱۰۱- قصیده ینبوع الحیات
۱۰۲- مصادر اشعار منسوب به امیرالمؤمنین علیه السّلام
۱۰۳- تقدیم و تصحیح و تعلیق نصاب الصبیان

 

آثار متفرقه
۱۰۴- تقدیم و تصحیح و تعلیف خزائن
۱۰۵- ده رساله فارسی
۱۰۶- کشکیل
۱۰۷- مجموعه مقالات
۱۰۸- مصاحبات
۱۰۹- هزار و یک نکته
۱۱۰- هزار و یک کلمه